Kerteminde Kommune består på det administrative niveau af en direktion, 6 afdelinger og en stabs afdeling.
Organiseringen af kommunen bygger på to hovedprincipper:
- Borgeren skal sikres en enkel og sammenhængende sagsbehandling.
- Decentral styreform, hvor ansvar og beslutningskompetence så vidt muligt er lagt ud i institutionerne.